Organização
Em sua organização o PPGEE conta, basicamente, com orientadores dos quatro Departamentos que compõem a grande área de Engenharia Elétrica da Escola Politécnica da USP: PCS (Departamento de Engenharia de Computação e Sistemas Digitais), PEA (Departamento de Engenharia de Energia e Automação Elétricas), PSI (Departamento de Engenharia de Sistemas Eletrônicos) e PTC (Departamento de Engenharia de Telecomunicações e Controle).
O PPGEE está dividido em seis Áreas de Concentração: Engenharia de Computação, Sistemas de Potência, Engenharia de Sistemas, Microeletrônica, Sistemas Eletrônicos e Engenharia Biomédica. Cada área de concentração conta com um coordenador e um vice-coordenador, eleitos pelos orientadores credenciados na respectiva área. Os seis coordenadores das áreas de concentração, juntamente com um representante discente, compõem a Comissão Coordenadora de Programa (CCP), vinculada à Comissão de Pós-Graduação (CPG) da Escola Politécnica da USP.
A CCP delibera sobre o credenciamento de disciplinas e de orientadores do PPGEE, coordena o processo seletivo do Programa, delibera sobre a concessão de bolsas, entre outras funções. As normas estabelecidas por esta comissão, a CCP, têm como diretriz básica a qualidade científica do programa segundo os critérios reconhecidos em âmbito nacional e internacional, respeitando as normas estabelecidas pela Pró-Reitoria de Pós-Graduação da USP e pela Comissão de Pós-Graduação (CPG) da Escola Politécnica da USP. A existência de quatro Departamentos da Escola Politécnica da USP atuando no PPGEE em seis áreas de concentração propicia grande diversidade e amplitude de atuação.